运费凭证入账的处理方法取决于运费是否与商品销售直接相关。以下是几种常见情况的账务处理：

销售商品提供运输服务

如果运输服务不单独收取费用，运费通常会计入销售费用。

如果运输服务单独收取费用，则运费会计入其他业务收入，并计算销项税额。

支付运费

对于支付给第三方的运费，会计入销售费用、管理费用或原材料成本，具体取决于运费与商品销售或管理活动的关联性。

一般纳税人取得专用发票时，可以抵扣进项税额。

收到运输发票

检查发票内容确保完整无误。

准备相应的会计凭证。

根据发票内容进行入账处理，录入账簿。

打印发票并存档备份。

特定行业运费处理

运输企业收到的运费计入主营业务收入。

非运输企业收到的运费计入其他业务收入。

施工企业对外施工发生的运费支出计入工程施工成本。

房地产企业对外开发房地产发生的运费支出计入开发成本。

请根据具体情况选择合适的会计分录进行记账。需要注意的是，记账时要考虑发票内容、金额、结算方式等因素，并确保符合相关税法规定。