当费用发票多开时，正确的入账处理方式如下：

核对发票与实际支付金额

首先核对发票上的金额是否与实际支付金额一致。

如果发票金额大于实际支付金额，需要联系开票方进行更正。

作废或红冲多开的发票

如果发票开具有误，且符合作废条件，可以作废原发票。

如果发票金额大于实际支付金额，且无法作废，需要开具红字发票进行冲减。

账务处理

如果发票作废，则按实际支付金额入账。

如果开具红字发票，则做如下会计分录：

借：原材料等 （红字）

贷：应交税费-应交增值税-进项税额转出 （红字）

贷：应付账款等 （红字）

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注意税务规定

确保所有账务处理符合税务规定，避免虚开发票等违法行为。

如果涉及退货等原因导致多开发票，应按照实际退货金额进行入账处理。

及时沟通与处理

及时与开票方或财务部门沟通，确保问题得到妥善处理。

遵守公司内部的财务流程和规定，确保账目清晰准确。

请根据具体情况选择合适的入账方法，并确保所有操作合法合规。