代付运费的记账方式取决于运费是由哪一方承担以及运费的具体性质。以下是几种常见情况的会计分录：

1. 当销售方公司负担运输费用时：

借：销售费用

贷：银行存款

应付账款等

2. 当销售方公司的运输部负责运输，费用由购货方承担时：

借：应收账款

贷：主营业务收入/其他业务收入

应交税费-应交增值税（销项税）

3. 当费用由购货方承担时：

借：应收账款

贷：库存现金

4. 当购货方负责运输且费用也由购货方承担时，销售方不做会计处理。

5. 当对方代付运费时：

借：库存商品/原材料

贷：应付账款-供货单位

贷：其他应付款-代垫运费

6. 当收回代垫运费时：

借：银行存款/库存现金

贷：应收账款

请注意，销项税额的产生取决于销售的货物是否涉及增值税，以及适用的计税方法。如果销售的货物是免税项目或采用简易计税方法，则即使支付了运费并取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额。

请根据具体情况选择合适的会计分录进行记账。