商业折扣在增值税的处理上，主要遵循以下规则：

1. 如果销售额和折扣额在同一张发票上分别注明，企业可以按照折扣后的金额计算增值税。

2. 如果折扣额没有和销售额在同一张发票上分别注明，或者折扣额被另开发票，那么在计算增值税时，不能从销售额中减除折扣额，需要按照原价计算增值税。

举例来说，如果商品原价为1000元，商业折扣为10%，即折扣额为100元，若在发票上分别注明销售额为900元与折扣额为100元，则企业可以按照900元的销售额计算增值税。反之，如果折扣额100元被另开发票，那么计算增值税时仍需按照1000元的销售额进行。

请根据您的具体情况，确保在开具发票时正确体现商业折扣，以便正确计算增值税。