自考考生申请毕业论文的流程通常包括以下几个步骤：

网上申请

考生登录教育考试院官网，进入个人中心，进行毕业论文网上申报及缴费。

资格审定

考生需携带准考证、专科毕业证书原件、各科考试成绩单及免考证明到当地自考办进行资格审定。

缴费

审核通过后，考生在规定时间内到主考院校办理交费手续。

确定论文题目

考生根据个人申报的专业方向，在主考院校指导下选定论文题目。

联系指导老师

考生与主考院校分配的指导教师联系，沟通论文写作方向。

论文撰写

考生根据指导老师的建议，开始撰写论文，并在老师指导下多次修改和完善。

论文答辩

考生完成论文后，准备答辩。答辩时间通常在每年的6月和12月左右。

等待论文成绩

考生通过答辩后，等待主考院校公布论文成绩。

请注意，具体的申请流程和条件可能因主考院校而异，考生应以所在院校的最新规定为准。