新开物流公司在做账时，应遵循以下基本流程：

开立账户

在银行开立公司账户，用于资金收付和对账。

记录收支

记录所有收支情况，包括货款、运费、租金、员工工资等。

准备发票

为客户提供发票，并记录发票号码、金额和开具日期等信息。

会计科目设置

根据物流公司的业务特点，设立会计科目，如“应收账款”、“应付账款”等。

凭证录入

根据发票、结算单据等原始凭证，进行凭证录入。

账务处理

根据出纳转来的原始凭证审核无误后，编制记账凭证。

根据记账凭证登记明细分类账，并进行计提、摊销、结转。

财务报表编制

编制资产负债表、利润表等财务报表，确保账目准确无误。

纳税申报

进行纳税申报工作，确保符合税务规定。

资产管理

对公司的固定资产进行盘点和确认，并反映在资产负债表中。

成本核算

对物流成本进行分类和计量，包括运输成本、仓储成本、人力资源成本等。

费用核算

确认并登记公司发生的各项费用，如运输费用、租赁费用等。

期末处理

结转主营业务成本，如运输车辆的路桥费、油费等。

财务分析

定期进行财务分析，为公司决策提供依据。

在整个会计处理过程中，物流公司需要严格遵循会计准则，确保财务信息的真实性、准确性和完整性。