根据您提供的信息，如果5900元工资已经扣除了五险一金，那么应缴纳的个人所得税计算如下：

应缴纳个人所得税 = （工资收入 - 五险一金 - 起征点） × 适用税率 - 速算扣除数

= （5900元 - 五险一金 - 3500元） × 适用税率 - 速算扣除数

= （5900元 - 290元 - 3500元） × 10% - 105元

= 2110元 × 10% - 105元

= 211元 - 105元

= 106元

所以，如果5900元工资已经扣除了五险一金，那么应缴纳的个人所得税为106元。

请注意，这个计算是基于2024年5月1日的税法规定，税率和速算扣除数可能会有变动，请以最新的税法规定为准。