当企业面临应付暂估款项金额较大的情况时，可以采取以下步骤进行处理：

核实暂估款项

确认应付暂估款项的来源和种类，核实金额、时间及其他相关信息。

分析原因

确定造成大额暂估款项的具体原因，如商品货款未及时入账、物料报损等。

账务调整

在会计软件中针对该笔金额进行调整，可能涉及增加或减少相应的凭证项目。

调整后，及时提交审批进行审核。

沟通与协调

与相关人员沟通调整后的金额及其背后的原因。

冲销原分录

如果之前有暂估入账的分录，可以通过红字凭证冲销原分录。

根据发票做账

收到发票后，根据实际金额做正确的会计分录。

重新评估资产

如果涉及存货或固定资产，进行重新评估以确认其价值是否准确。

坏账处理

对于可能无法收回的应收账款，进行坏账处理。

持续监控

定期进行账务核对，监控大额应付暂估款项的变化情况。

内部控制

加强内部控制，防止未来出现类似的大额暂估款项。

请根据具体情况选择合适的处理方法，并确保所有调整都有适当的文档支持。