保函费用通常应计入财务费用科目。具体会计分录如下：

1. 当企业缴纳银行保函费时：

借：其他货币资金—保函保证金

贷：银行存款

2. 当企业支付银行保函费手续费用时：

借：财务费用—手续费用

贷：银行存款

财务费用科目涵盖了企业为筹集生产经营所需资金等而发生的筹资费用，其中包括利息支出（减利息收入）、汇兑损益以及相关的手续费等。

需要注意的是，保函费用的具体会计处理可能因国家会计准则和企业的具体会计政策而有所不同。在某些情况下，保函费用也可能被计入“担保费”科目。