自学考试论文的申请流程通常包括以下几个步骤：

网上申请

登录当地的教育招生考试院官网或主考院校的官网。

寻找“论文申请”或“毕业论文申请”的入口。

填写必要的个人信息，如真实姓名、身份证号、准考证号等。

核对信息无误后，提交申请。

论文选题与指导

论文选题方向可以作为初步方向，并非最终题目。

考生需要与导师沟通确定最终论文题目。

支付论文指导费用（如果有的话）。

论文撰写

根据导师的指导开始撰写论文。

在老师建议下进行修改，直至成稿定稿。

论文提交与答辩

将完成的论文提交至指定平台或邮箱。

参加论文答辩。

成绩发放

等待论文成绩公布。

请注意，具体的申请流程和条件可能因地区和院校而异，建议以当地教育考试院的最新通知或主考院校发布的报考简章为准。