抵扣的税款在会计上通常通过以下分录进行处理：

1. 收到进项税额时：

借：应交税费——应交增值税（进项税额）

贷：银行存款

2. 实际支付税款时：

借：应交税费——应交增值税（已交税金）

贷：银行存款

3. 抵扣进项税额时：

借：应交税费——应交增值税（进项税额）

贷：应交税费——应交增值税（已交税金）

4. 月末进行进项税额结转时：

借：应交税费——应交增值税（转出未交增值税）

贷：应交税费——未交增值税

5. 实际交纳增值税时：

借：应交税费——未交增值税

贷：银行存款

请注意，这些分录可能根据企业的实际情况和会计准则的不同而有所调整。