零申报企业在进行汇算清缴时的操作步骤如下：

登录电子税务局

访问国家税务总局电子税务局，使用公司账号登录。

填写企业信息

在申报系统内，填写企业的基本信息。

生成申报表

依次打开各个表单，系统会自动生成年度申报表信息。

提交申报

核对信息无误后，提交申报。

零申报盖章

网上零申报后，需到税务局进行盖章确认。

存档

税务机关盖章后，返还一份存档备案。

请注意，零申报企业也需要进行汇算清缴，并按照实际经营发生的费用和成本及收入进行申报。即使没有应税收入或成本，期间费用表中也应体现企业的费用开支，并在所得税申报总表中可能出现负的所得。