福建机构改革中，政协（中国人民政治协商会议）的改革主要包括以下几个方面：

履职能力建设：

推进人民政协履职能力建设，以加强政协在协商民主中的重要作用。

民主监督：

加强人民政协的民主监督功能，确保政协能够有效监督政府工作。

专门委员会设置：

优化政协专门委员会设置，整合市县政协相关委员会职责，以更好地发挥政协作为专门协商机构的作用。

思想政治引领：

完善落实党对政协工作全面领导的制度规定，提高政协成员的政治判断力、领悟力和执行力，促进各党派团体和各族各界人士在政治上团结合作、思想上共同进步、行动上步调一致。

服务中心大局：

引导政协在服务中心大局上有新作为，为地方经济社会发展贡献智慧和力量。

这些改革旨在使政协更加符合实际、科学合理、更有效率，以适应新时代的要求，更好地发挥其职能作用。