从南京到迪士尼最快的方式是乘坐高铁到上海虹桥站，然后转乘地铁到达迪士尼乐园。以下是具体的步骤：

1. 从南京南站乘坐高铁到上海虹桥站，车程大约需要2小时左右。

2. 到达上海虹桥站后，乘坐地铁10号线（新江湾城方向）至交通大学站。

3. 在交通大学站换乘地铁11号线（迪士尼方向）至迪士尼站。

4. 从迪士尼站下车后，步行即可入园。

整个旅程大约需要3小时左右，包括换乘时间。这是根据最新的信息整理的路线，具体情况可能会因实际运营时间和换乘情况有所变化，建议出行前查询最新的时刻表和地铁线路信息