运输企业在做账时，主要遵循以下步骤和原则：

收入记录

收到的运费应计入主营业务收入。

记录为：借：银行存款/应收账款 贷：主营业务收入 应交税费-应交增值税（销项税额）

支出记录

支出的运费，如燃油费、维修费等，应计入相关成本或费用。

记录为：借：销售费用/管理费用/原材料成本 贷：银行存款/应付账款 应交税费-应交增值税（进项税额）

财务报表

根据收入和支出计算毛利润，再扣除运营成本、税费等得出净利润。

编制财务报表，包括资产负债表、利润表和现金流量表。

账务核对

定期对账，确保账目清晰，避免出现差错。

可以使用电子表格或财务软件辅助记账，提高效率和准确性。

税务处理

按照国家规定缴纳各种税费，并妥善保管财务资料。

其他注意事项

对于非运输企业收到的运费，计入其他业务收入。

施工企业对外施工发生的运费支出，计入工程施工成本。

房地产企业对外开发房地产发生的运费支出，计入开发成本。

进货运费计入采购货物成本。

若对方代垫运费，实际还是本企业付运费，会计分录应体现应付账款。

以上步骤和原则可以帮助运输企业准确记录和反映其财务状况，确保符合会计和税法规定。需要注意的是，这些步骤和原则可能会随着会计和税法的变化而更新，因此建议定期参考最新的会计和税法规定进行操作