工程发票成本核算通常遵循以下步骤：

确认收入和成本

根据工程进度或确认的产值，每月确认收入并结转成本。

使用会计分录：

借：主营业务成本

贷：主营业务收入

年末调整

根据工程部核实的项目，进行收入和成本的调整。

如果需要调减，使用负数表示。

工程完工结算

根据决算文件，扣除以前年度确认的收入和成本，确认当期收入和成本。

税金计算

计算各期应交纳的税金及附加，如营业税、城建税、教育费附加等。

使用会计分录：

借：主营业务税金及附加

贷：应交税金——应交营业税、应交城建税等

其他应交款——应交教育费附加等

发票录入与分类

在会计软件中，如“好会计”，录入发票并分类，以便于成本核算。

成本归集与分配

将本期发生的施工费用按其发生地点和经济用途分别归集到相关账户。

分配辅助生产费用、机械作业费用和施工间接费用到“工程施工”等相关明细科目。

工程结算

将已计算确定的已完工程实际成本从“工程施工”账户转入“工程结算成本”账户。

会计处理流程

凭证制单、凭证审核、记账、对账、其他系统结账、总账系统结账。

以上步骤概述了工程发票成本核算的基本流程。需要注意的是，具体会计处理可能因企业会计政策和所在国家的会计准则而有所不同。务必遵循相关法规和公司内部规定进行核算