自考申请毕业论文的流程通常包括以下几个步骤：

资格审定

考生需携带准考证、最高毕业证书、各科考试成绩单及免考证明到当地自考办进行资格审定。

网上申请

考生在规定时间内登录教育考试院官网或报考院校的官网，进入个人中心进行毕业论文网上申报及缴费。

论文选题

考生根据个人兴趣和专长，结合专业要求，选定研究领域和细化研究问题。

论文撰写

考生在指导老师的协助下，列出论文大纲，撰写论文内容，注意格式和结构。

论文修改与定稿

考生根据指导老师意见进行修改和完善，直至论文定稿。

论文答辩

考生准备答辩材料，并在规定时间内参加答辩，向答辩小组介绍论文观点并回答提问。

等待成绩公布

答辩通过后，考生等待论文成绩公布，之后便可获得毕业证书和学位证书。

请确保按照主考院校的具体要求和流程进行操作，因为不同院校可能有细微差别。