支付库存商品的运费记账方法如下：

运费计入成本

当运费由买方支付时，应计入库存商品的成本中。

会计分录为：

借：库存商品

贷：银行存款

运费作为营业外费用

如果运费作为营业外费用直接支出，则不直接计入成本，而是作为费用处理。

会计分录为：

借：营业外支出

贷：银行存款

代垫运费

如果卖方代垫运费，买方在收到货物时应将运费支付给卖方。

会计分录为：

借：应付账款

贷：银行存款

当收到代垫的运费时：

借：银行存款

贷：应收账款

请根据具体情况选择合适的记账方法。