通行费的增值税抵扣方式如下：

高速公路通行费

使用电子普通发票进行抵扣。

抵扣公式：高速公路通行费可抵扣进项税额 = 高速公路通行费发票上注明的金额 ÷ （1 + 3%） × 3%。

一级、二级公路通行费

使用电子普通发票进行抵扣。

抵扣公式：一级、二级公路通行费可抵扣进项税额 = 一级、二级公路通行费发票上注明的金额 ÷ （1 + 5%） × 5%。

桥、闸通行费

使用电子普通发票进行抵扣。

抵扣公式：桥、闸通行费可抵扣进项税额 = 桥、闸通行费发票上注明的金额 ÷ （1 + 5%） × 5%。

纸质发票

高速公路通行费纸质发票无法抵扣。

一级、二级公路通行费纸质发票无法抵扣。

桥、闸通行费纸质发票可以抵扣，使用原抵扣规定及抵扣凭证。

纳税期限

增值税的纳税期限可以是1日、3日、5日、10日、15日、1个月或1个季度。

具体纳税期限由主管税务机关根据纳税人应纳税额的大小分别核定。

申报纳税

以1个月或1个季度为1个纳税期的，自期满之日起15日内申报纳税。

以1日、3日、5日、10日或15日为1个纳税期的，自期满之日起5日内预缴税款，于次月1日起15日内申报纳税并结清上月应纳税款。

请根据最新的税法规定和公告进行操作，因为税法政策可能会有更新。