小规模纳税人在支付房租时，会计科目通常根据房租的具体用途来决定：

1. 如果房租用于公司的管理活动，如办公大楼的租赁，则应计入管理费用。

2. 如果房租用于生产产品的厂房，则应计入制造费用。

3. 对于用于销售的门市部等，可能会计入销售费用科目。

具体的会计分录为：

借：管理费用（或制造费用等）

贷：银行存款

这样的会计处理反映了公司在报告期内支付了房租费用，并导致了银行存款的减少。

请根据您的具体情况选择合适的会计科目进行核算