物流公司需要缴纳的税种主要包括：

增值税

陆路（含铁路）运输、水路运输、航空运输和管道运输服务，一般纳税人税率为11%，小规模纳税人税率为3%。

仓储、配送及货运代理等物流辅助服务，一般纳税人税率为6%，小规模纳税人税率为3%。

营业税 （已改为增值税）：

物流企业主要交增值税，不再交营业税。

城市维护建设税

税率根据地区不同，一般为实际缴纳的增值税、消费税、营业税的一定比例（如7%、5%或其他）。

教育费附加和地方教育费附加

税率分别为3%和2%，计算方式与城建税类似。

印花税

根据营业收入金额计算，如果提供的服务开具了发票，则根据发票金额缴纳印花税。

个人所得税

对于企业，需要根据实际应税所得和适用税率计算并缴纳个人所得税。

企业所得税

根据实际应税所得计算并缴纳，基本税率为25%，符合条件的小型微利企业可享受优惠税率。

物流公司通常需要按月或按季度向税务部门报送税务申报表，并缴纳相应的税款。税务申报可以通过网上系统完成，如登录当地税务系统的电子税务局进行操作。

请注意，税法规定可能会有更新，具体的税率和计算方法请以最新的官方发布信息为准。