保修金的扣除方法通常有以下几种：

逐次扣留：

在每次支付工程进度款时，按照合同约定的比例逐次从应付款中扣除保修金，直至累计扣除的金额达到合同金额的某个百分比（如5%）为止。

一次性扣留：

在工程竣工结算时，根据工程总价款和合同约定的质保金比例，一次性计算出质保金金额，并在最后一次付款时扣除。

按比例扣除：

从第一次办理工程进度款支付时，就按照合同约定的比例从应付款中扣除保修金，直至累计扣除的金额达到合同金额的某个百分比（如5%）为止。

目标扣除：

在工程开始或结束时，在工程款之外单独收取一定比例的质保金。

缺陷责任保修金：

在缺陷责任期内，根据出现的缺陷情况，发包人可能根据合同约定暂时扣减保修金，并在缺陷责任期结束后退还或处理剩余金额。

在扣除保修金时，应遵循以下准则：

严格按照合同规定和工程质量验收标准进行评估。

根据工程项目的实际情况，结合专业评估意见，合理确定保修金的扣除比例。

保修金的扣除应公平合理，不得滥用权力或歧视性扣除。

及时通知承包商，并提供明确的扣除理由和依据。

请根据您的具体情况选择合适的扣除方法，并确保所有操作符合相关法规和合同条款