巢湖市农业委员会（简称市农委）是负责巢湖市农业和农村经济工作的市人民政府组成部门。根据提供的信息，市农委内设多个职能科室，具体如下：

1. 办公室

2. 组织人事科

3. 农业科

4. 菜篮子工程办公室

5. 农业产业化指导科

6. 市场信息科

7. 科教法规科

8. 安全农产品管理办公室（项目管理科）

9. 农村能源办公室

10. 农村经营管理科（站）

11. 农科教办公室

12. 水产办公室

此外，市农委下属还有畜牧局动物卫生监督所、畜牧局动物疫病预防与控制中心、农业行政执法大队（巢湖市种子管理站）等部门，分别负责动物卫生监督工作、动物疫病防控以及种子管理工作等。