当企业在外贸中代垫运费时，会计处理通常遵循以下步骤：

代垫运费时的会计分录

如果运费由购货方承担，运输公司将发票开给购货方，且三方有代付运费协议，销货方代垫运费：

借：原材料

借：应交税金——应交增值税——进项税

贷：其他应付款——应付运费

支付运费时：

借：其他应付款——应付运费

贷：银行存款

销货方收回代垫运费及货款时：

借：银行存款

贷：应收账款

其他应收款——代垫运费

如果运输公司直接把发票开出，在销货的同时收取的全部款项中包含此运费，则此运费为价外费用并入销售额，不用再单独收取

支付运费时：

借：销售费用

应交税费——应交增值税——进项税

贷：银行存款

特殊交易形式下的处理

如果运输服务发生在商品控制权转移给客户之前（如DDP、DDU等），运费应列入合同履约成本，最终结转营业成本；向客户收回代垫的运费确认为收入。

如果运输服务发生在商品控制权转移给客户之后（如FOB、CIF等），且属于代办的，则企业应仅就收取和支付的运费之间代垫差额确认收入。

其他注意事项

当企业销售货物时，如果支付的运费不能产生销项税额（如免税增值税项目、简易计税方法计税等），则即使取得增值税专用发票，支付的运费也不能抵扣进项税额。

请根据具体情况选择合适的会计分录进行记录。