昆明初三培训机构中，根据网络上的排名信息，以下是一些受欢迎的机构：

云南秦学教育

专门提供中高考文化补习，有丰富的“三校生”高考补习经验。

昆明京翰教育

排名靠前，提供全面的教育服务。

昆明学大教育

提供个性化的学习方案，帮助学生提高学习成绩。

昆明学通教育

专注于云南省中高考文化补习，有多年办学经验。

昆明巨人学校

提供多样化的课程，满足不同学生的学习需求。

选择合适的培训机构时，建议考虑机构的教学质量、师资力量、教学环境以及学生和家长的反馈。建议实地考察或咨询在校学生和家长的意见，以作出最适合自己的选择。