当审计中遇到档案丢失的情况，您可以按照以下步骤进行处理：

查找档案

确认档案是否真的丢失，因为国家对档案保管有严格规定，档案一般不会无故丢失，可能只是暂时找不到。

如果档案“失踪”，应继续查找，直到宣布“死亡”为止。

补办临时档案

如果档案确实丢失，且需要使用，可以补办一个临时档案。

职工档案等可以通过相关途径证实的信息，应尽快补办，以保证当前需求不受影响。

报警

如果怀疑档案被盗窃，应该立即报警处理。

通知相关方

向客户或相关方报告档案丢失的情况，并说明正在采取的措施。

采取预防措施

审查和加强档案保管流程，防止未来再次发生类似情况。

请根据具体情况采取相应措施，并考虑咨询专业法律意见。