在没有核销单的情况下进行核销，可以采取以下步骤：

核实事由和金额

确认核销的事由和金额是否真实，避免误操作或财务风险。

收集证明和证据

尽量收集相关的交易记录、电子凭证等，并由相关部门负责人签字确认。

手工核销

将收集到的信息详细记录在核销登记簿上，包括时间、原因、金额等，以备查证。

同时，建议将情况报告给财务和审计部门，确保企业财务的准确性和合规性。

电子口岸操作

登录电子口岸系统，进行核销单信息的查询和提取。

如果系统显示未关联核销单，可能需要重新进行核销单信息的提交或更新。

报关单处理

如果核销单丢失，需要向外管局报告挂失，并按照外管局指示进行后续处理。

其他注意事项

核销通常需要同时有报关单和核销单，缺一不可。

对于特定减免税货物，可能需要备案号。

一般进出口货物可能不需要核销。

请根据具体情况选择合适的处理方式，并确保遵循公司内部规定和流程。