济宁技师学院设有以下系部：

1. 机械工程系

2. 数控技术系

3. 电气工程系

4. 材料工程系

5. 电子信息工程系

6. 汽车工程系

7. 生物化工系

8. 轻纺服务技术系

9. 基础教学部

这些系部开设了包括技师、高技、中技在内的30余个专业，专业覆盖济宁市的主要支柱产业。

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