生物工程专业毕业生可以考虑考取以下证书：

医药类证书

药师证

执业药师证（分为资格证和职称）

执业医师证

医药销售师证

营养师证

工程类证书

注册会计

一级建造工程师证

二级建造工程师证

注册化工工程师证

注册环评工程师证

注册安全工程师证

注册物流师证

生物技术专业证书

生物技能证书

生物实验师证书

生物工程师证书

选择考取哪个证书取决于你的兴趣、职业规划以及是否符合报考条件。有些证书可能需要相应的工作经验。建议在决定前，详细了解每个证书的要求和考试内容，以及它们对你未来职业发展的影响