运费抵扣后的会计处理取决于运费是用于购买原材料还是销售商品。以下是两种情况的会计分录：

购买原材料支付的运费

借：原材料

借：应交税费——应交增值税（进项税额）

贷：银行存款（或应付账款等科目）

销售商品支付的运费

借：销售费用——运杂费

借：应交税费——应交增值税（进项税额）

贷：银行存款（或应付账款等科目）

如果运费发票是增值税专用发票，并且已经认证，那么进项税额可以抵扣。如果未取得增值税专用发票，或者已经认证但需要转出进项税额，则运费应计入成本或费用科目。

请根据具体情况选择合适的会计分录。