南京小规模企业报税流程主要包括以下几个步骤：

登录电子税务局

访问南京国家税务局或地方税务局的官方网站，进入电子税务局。

填写申报表

根据需要申报税种，填写相应的申报表。例如，增值税申报表适用于小规模纳税人，需要填写应征增值税不含税销售额等信息。

提交申报

核对填写数据无误后，提交申报表。

缴纳税款

根据申报结果，通过网上办税系统或到税务机关窗口进行缴纳税款。

零申报

若当月没有收入或发票开具情况，进行零申报，即销售额填写为0，并确认提交。

抄税

在规定时间内，通过税控设备进行抄税，并向税务机关上传开票数据。

记账与票据管理

记账时需具备财务专业知识，使用正规发票作为企业费用。

票据分类整理，确保IC卡电子信息与纸质发票一致。

财务报表

提交正规的财务报表，特别是涉及所得税申报时。

请注意，具体的报税流程和表格填写可能随政策更新而有所变化，建议登录税务局官网或咨询当地税务机关获取最新信息。