根据中国劳动法的相关规定，用人单位在扣除员工工资时，通常有以下标准：

扣除上限：

每月扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%。

最低工资标准：

扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

经济损失赔偿：

如果劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求赔偿，但赔偿金额同样不得超过劳动者当月工资的20%。

病休工资：

劳动者在病休期间，用人单位应支付病假工资，该工资不得低于当地最低工资标准的80%。

请注意，这些规定是为了保护劳动者的基本权益，确保其不会因工资扣除而陷入贫困。如果劳动者对工资扣除有疑问，可以与公司进行协商，或者向劳动部门申请劳动仲裁