档案存档费通常应计入管理费用科目。具体来说，如果档案存档费与管理部门相关，可以记为管理费用；若是销售部门产生的费用，则记为销售费用。对于公司规模较小，分类不太明确的情况，统一记为管理费用也是可以的。在会计分录中，档案存档费可以进一步细分为“管理费用-人事存档费”或“管理费用-办公费”等二级明细科目。

会计分录示例如下：

借：管理费用-人事存档费

贷：银行存款

这样的分录反映了企业支付档案存档费的金额，并体现了资金来源