施工企业缴纳个人所得税（个税）通常遵循以下步骤：

确定纳税义务

如果农民工与企业签订了劳动合同，其工资收入按照“工资、薪金所得”项目缴纳个人所得税。

如果农民工提供劳务，其收入按照“劳务报酬所得”项目缴纳个人所得税。

收集信息

收集签订劳动合同的农民工的身份证信息、联系方式、家庭住址等基本信息，以及专项附加扣除相关信息。

对于劳务形式的农民工，收集其身份证信息、劳务合同、劳务报酬金额等信息。

计算应纳税额

工资、薪金所得应纳税额计算公式为：`（每月收入额 - 起征点 - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 其他扣除） × 适用税率 - 速算扣除数`。

劳务报酬所得应纳税额计算公式为：`每次收入额 × （1 - 快速扣除比例） × 适用税率`。

代扣个税

在发放工资或劳务报酬时，施工企业按照计算出的应纳税额从农民工的收入中扣除个人所得税款项。

申报纳税

建筑企业一般采用网上申报的方式，登录当地税务机关的电子税务局系统。

选择正确的申报表格，如《个人所得税扣缴申报表》。

异地施工个税缴纳

建筑企业异地施工工作人员的个税必须在工程所在地缴纳。

如果建安企业的劳务人员是由劳务公司派遣的，劳务派遣公司也必须履行在工程作业地缴纳个税。

税率

按每月应税所得额适用不同的税率，例如：5000元以内适用5%税率，5000-10000元适用10%税率，以此类推。

预缴与汇算清缴

应纳税款按年计算，分月预缴，由纳税人在此月征期内预缴，年度终了后3个月内汇算清缴，多退少补。

以上步骤概述了施工企业如何缴纳个人所得税的基本流程。需要注意的是，税法和相关政策可能会有更新，具体情况应以最新的法律法规和税务机关的规定为准。