根据提供的信息，日本东京大学博士课程的学费如下：

第一学年：802,800日元，约合人民币大约4万元（包含入学金）。

第二学年及以后：520,800日元，约合人民币大约2.6万元（无入学金）。

请注意，这些费用仅为学费，并不包括生活费、住宿费等其他开支。另外，这些数据可能会根据时间和政策有所调整，建议直接咨询东京大学或查看最新的官方信息以获得最准确的数字